로크는 기계적인 중립을 비판하고 종교적 관용을 옹호한다. 정치와 종교를 분리하여 종교적 자유를 보장하고, 관용으로 억압과 지배를 극복하여 개인의 자유는 물론 공동체의 자유를 보호하자는 것이다. 이러한 관용의 정신은 종교적 자유가 보장되는 오늘날에도 여전히 유효하다.

정치와 종교, 나아가 사회 각 영역들의 억압 없는 균형을 이루려 했던 로크의 사상은 다문화 사회에서 살고 있는 우리에게 자기만의 종교와 자유를 넘어 타인의 자유와 정체성의 자율을 되돌아보게 한다. 로크는 구원에 대한 믿음으로 위장된 종교의 지배 욕망을 비판하고, 그리스도교의 본래적 순수성을 회복시키려 했다.

이 책에 담긴 주장은 미국 연방주의자에게 이어져 “연방의회는 국교를 정하거나 또는 자유로운 신교 행위를 금지하는 법률을 제정할 수 없다”는 미국 헌법의 조항으로 표현되었다. 로크의 주장은 후에 애덤 스미스가《국부론》에서 자유로운 시장 경쟁을 옹호한 것처럼 종교에서도 국가교회라는 독과점 시대가 끝나고 교파교회라는 자유 경쟁의 시대가 올 것임을 예견한 것이라 할 수 있다.